Se componen de una serie de dependencias y aulas donde se cursaban los estudios necesarios para acceder a la Universidad; se organiza en torno a un patio compuesto de arcos mixtilíneos con clara influencia del patio de la Casa de las Conchas.
Lo más destacable es, sin duda, su portada, formada por dos arcos de medio punto en cuyas enjutas aparecen tres medallones, correspondiendo el central a la imagen de Cristo y los laterales a personajes mitológicos.
Sobre ellos se levanta un cuerpo que, dividido en tres calles, cobija los escudos del emperador en el centro y en los laterales dos águilas bicéfalas. Cerrando la fachada corre un friso con el escudo pontificio flanqueado por dos medallones en los que se representa a San Pedro y San Pablo. En esta portada se vuelve a repetir el esquema heráldico de la fachada de la Universidad y del Hospital del Estudio, dando unidad iconográfica al conjunto del patio de Escuelas Mayores.
Tras esta fachada se abre un pequeño patio que da acceso a las Escuelas; su frente aparece decorado con un medallón entre semicolumnas ricamente adornadas, con el tema del profesor impartiendo clase desde su cátedra con las armas pontificias coronándolo. Circundando el medallón aparece la inscripción ‘SCIENTIARUM PRINCEPS SALMANTICA DOCET’ ya presente en la fachada del actual rectorado. La rica talla de los medallones y el dominio técnico hacen pensar que su autor pudo ser Juan de Álava.
En una de las aulas del patio se conserva actualmente el llamado «Cielo de Salamanca», que es una tercera parte de una extraordinaria pintura mural atribuida a Fernando Gallego que alude a temas astronómicos y astrológicos. Es de finales del siglo XV y estaba originalmente situada en la bóveda de la antigua biblioteca (donde hoy está la capilla) del edificio de Escuelas Mayores, bóveda que se hundió en parte y el tercio restante fue tapado por la de la nueva capilla, y trasladada aquí tras su descubrimiento al hacer obras a mediados del siglo XX.
