En origen fue parroquia ubicada en el territorio de los toreses; su fundación rondaría el año de 1190, pero después el rey Alfonso IX, en 1223, la traspasó a la Orden de Santiago, en concreto al prior fray Diego de Manino con el encargo expreso de que repoblara sus alrededores. En 1286, el hijo de Alfonso IX, don Martín Alfonso, la solicitó para convento de monjas, pues en unión de su mujer, doña María Méndez, había fundado el monasterio de Comendadoras de Santiago, cuyo patrimonio acrecentaron asimismo con otros bienes propios. No queda sino el templo, pues el convento se reconstruyó con soluciones clasicistas en la década de los noventa del siglo XVIII según proyecto de Manuel Martín Rodríguez que contó con la colaboración de Ramón Durán, fue convertido después en cárcel y al final derribado, por lo que nos hemos de centrar en la actual iglesia, heredera de otra que sólo nos legó algún monumento funerario, como el de los fundadores y el de Pedro Vidal, y una pequeña puerta.
La edificación del templo, hacia 1541-44, tuvo lugar durante el mandato de la priora Leonor de Acevedo. Al decir de Villar y Macías el arquitecto fue Juan Gil el Mozo, pero ya Gómez Moreno señalaba la similitud de esta obra con la iglesia de San Esteban, por lo que pensaba en Juan de Álava. Para Camón Aznar el arquitecto sería fray Martín de Santiago, tesis que sigue Fernández Arenas y que hoy parece que es la definitiva, después de que en 1959 García Boiza publicara referencias documentales. En un momento dado las obras fueron revisadas por Luís de Vega.
La capilla mayor tiene interiormente planta poligonal y se cubre con rica bóveda de crucería con combados y numerosísimas claves; el mismo tipo de cierre, con nervios que se prolongan a las columnas, se da en la nave, de dos tramos, con capillas hornacinas entre contrafuertes, solución similar a la de San Esteban. El buque de la nave se prolonga en el coro, hecho en 1551 y ampliado en 1587 por Juan Nates Naveda; de particular interés, además de su sencilla sillería gótica, es el bellísimo artesonado renaciente-mudéjar con almizate de artesones en el harneruelo y en el arrocabe escudos y carros de triunfo, todo ricamente policromado. Además existe una tribuna para el órgano con tablero de lazos ataujerados y mocárabes en el pasamanos. La sacristía, con puerta de 1703, es una nave de cinco tramos con bóvedas muy decoradas.
El retablo es uno de los más importantes de la ciudad, fue contratado en 1644 con el ensamblador Antonio Martínez y el escultor Antonio de Paz. Posteriormente se hizo un nuevo contrato para su modificiación y finalización con el escultor Andrés de Paz, hermano de Antonio, y el ensamblador Juan de Rojas. En 1658 se concertó su dorado y estofado con Francisco Báez, Antonio de Balenzuela y Jerónimo de Coca. Está dedicado al apóstol Santiago, pues esta iglesia pertenecióal ocnvento de monjas Comentadoras de la Orden de Santiago.
Estructuralmente se compone se compone de dos cuerpos con cinco calles y ático. En la calle central del primer cuerpo va el tabernáculo, en el segundo cuerpo el relieve de Santiago a caballo en la batalla de Clavijo y en el ático el relieve de Pentecostés. Las calles laterales albergan los relieves del martirio de Santiago y el de la recepción de su cuerpo por la reina Lupa en el primer cuerpo, y la manifestación de la Virgen del Pilar en Zaragoza y la aparición de Santiago en sueños a Ramiro I en el segundo. Los intercolumnios acogen las escultura de San Pedro y San Pablo en el primer piso y de San Agustín y San Ambrosio en el segundo. En los pedestales también van relieves: Anunciación, Nacimiento, Epifanía y Presentación en el templo en el primer cuerpo; Bautismo de Cristo, Huida a Egipto, Sagrada Familia y Hogar de Nazaret en el segundo; y el Niño Jesús entre los doctores, Purifiación, Asunción y Coronación de la Virgen en el ático. A ambos lados del ático van seis figuras de ángeles y personificaciones de virtudes.
De gran efecto es el exterior, en el que a más de la serie de pináculos, algunos desmochados, y de las ventanas semicirculares unas y con tracerías renacientes, de doble mainel y óculo otras, destaca particularmente la portada, típico ejemplo de arquitectura suspendida, pues sus ricas decoraciones arrancan de la línea de salmeres del arco semicircular que da acceso al templo; sobre él, una larga inscripción, con poco rigor histórico, narra la fundación conventual, y a los lados, pilastras rellenas de grutescos que acogen repisas y doseletes; encima, un friso bellísimo con carros de triunfo a la carrera hacia el eje medial, donde se esculpió un templete. El cuerpo superior, más estrecho, se proyectó con dos ventanas semicirculares y sobre ellas finos medallones de Santiago peregrino y San Pedro, separado todo por columnas abalaustradas que sostienen otro friso como el anterior y el frontón de remate, en cuyo tímpano se efigió a Santiago en la batalla de Clavijo. Los medallones inferiores parece que representan a los fundadores del primitivo convento Martín Alfonso y María Méndez y los altos a San Pedro y Santiago.
